Budowę szpitala rozpoczęto w 1953 roku na terenie zlokalizowanym na wzgórzu, wśród szumiącego sosnowego lasu, z dala od miejskiego zgiełku. Po trwającej 6 lat budowie, szpital został uroczyście otwarty i przekazany do użytkowania 30 grudnia 1959 roku. Jego pierwszym dyrektorem został dr med. Jan Masełkowski. Szpital otrzymał imię zasłużonego dla Bydgoszczy lekarza - społecznika doktora Emila Warmińskiego.

Patron szpitala urodził się w Bydgoszczy 15.03.1881 r. Studia medyczne podjął w Marburgu, a ukończył we Freiburgu w Badenii. Powrócił do rodzinnego miasta aby nie tylko leczyć jego mieszkańców, ale również ratować zagrożoną polskość Bydgoszczy. Został prezesem Towarzystwa Gimnastycznego "SOKÓŁ" oraz zorganizował Dom Polski. Nieuleczalna choroba płuc spowodowała przedwczesny zgon Doktora. Zmarł w Poznaniu 09.06.1909 roku. Pochowany został w grobowcu rodziny Warmińskich na cmentarzu Starofarnym w Bydgoszczy.

W dniu otwarcia szpital posiadał 250 łóżek rozmieszczonych na czterech oddziałach: chorób wewnętrznych, położniczym, ginekologicznym oraz noworodkowym. W połowie stycznia 1960 roku otwarto dwa kolejne oddziały: chirurgiczny wraz z blokiem operacyjnym kierowany przez dr med. Bogumiła Suszko i jego zastępcę - dr med. Zbigniewa Kowiańskiego oraz laryngologiczny kierowany przez dr med. Jana Masełkowskiego. Uruchomiono także Zakład RTG z dr Wandą Wojciechowską na czele. Noworodki i ich matki znalazły troskliwą opiekę wybitnych lekarzy: Jadwigi Michalak-Bobrowskiej i Rogera Mierzwińskiego.W czerwcu 1960 r. zostały oddane do użytku: oddział gruźlicy dziecięcej oraz laboratorium analityczne i bakteriologiczne, równocześnie zorganizowano przedszkole, szkołę dla dzieci i kuchnię mleczną dla najmłodszych. Pod koniec 1960 roku uruchomiona została apteka szpitalna.

W roku 1961 rozpoczął funkcjonowanie Zakład Anatomii Patologicznej i Histopatologicznej, a w 1962 r. zostały uruchomione: gabinet stomatologiczny oraz wytwórnia płynów infuzyjnych i Punkt Krwiodawstwa. Zainstalowano urządzenie klimatyzacyjne na Sali Operacyjnej i w kotłowni. W 1969 r. szpital wzbogacił się o nową komórkę reanimacji i intensywnej terapii, rok później zostały utworzone przychodnie przyszpitalne. 15 sierpnia 1973 r. następuje zmiana na stanowisku dyrektora szpitala – po 14 latach sprawowania funkcji Dr. Masełkowskiego zastąpił na tym stanowisku lek. med. Janusz Mąka. W końcu 1973 r. załogę 285 łóżkowego szpitala stanowiła 450 osobowa grupa lekarzy, felczerów, pielęgniarek, położnych, salowych oraz pracowników administracyjno-technicznych i gospodarczych.

Na podstawie Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 30 czerwca 1975 r. w sprawie organizacji i zadań zakładów opieki zdrowotnej – Wojewoda Bydgoski Zarządzeniem nr 32/75 z dnia 4 sierpnia 1975 r. w sprawie organizacji jednostek służby zdrowia powołał z mocą od 1 lipca 1975 r. Zespół Opieki Zdrowotnej nr 1 w Bydgoszczy. W jego skład weszły następujące placówki: Szpital Ogólny nr 2 im. dr E. Warmińskiego; Przychodnia Obwodowa nr 2 wraz z 20 przychodniami rejonowymi i 26 przychodniami przemysłowymi oraz 6 Ośrodkami Zdrowia na wsi; Miejska Obwodowa Przychodnia Matki i Dziecka wraz z 13-ma Żłobkami z terenu Bydgoszczy oraz dziecięcymi poradniami specjalistycznymi przy Placu Kościeleckich 8 i Domem Małego Dziecka; Państwowy Dom Rencistów przy ul. Mińskiej 15.

W czerwcu 1976 r. w pomieszczeniach zwolnionych przez administrację dokonano niezbędnych prac adaptacyjnych i przekazano do użytku 7- łóżkowy Oddział Intensywnej Opieki Medycznej. Na Oddziale Wewnętrznym uruchomiona została 3 – łóżkowa sala intensywnego nadzoru kardiologicznego, wyposażona w odpowiednią aparaturę, pozwalającą na lepsze zabezpieczenie chorych z zawałem serca lub ostrymi zaburzeniami rytmu.

1 listopada 1977r. na Oddziale Laryngologicznym uruchomiono przyszpitalną poradnię laryngologiczną. W roku 1978 poszerzono zakres i podniesiono poziom świadczonych usług. Mając na uwadze profilaktykę chorób kobiecych zorganizowane zostały dojazdowe poradnie „K” dla trzech Ośrodków – Sicienka, Łochowa i Nowej Wsi Wielkiej. Fachową opiekę zapewnili lekarze specjaliści pracujący na Oddziale Położniczo-Ginekologicznym Szpitala. W poradniach tych prowadzone były także tzw. „szkoły matek”. 1 marca 1978 r. utworzona została Poradnia Fizjologii Dziecka.

W roku 1978 nastąpiły dalsze zmiany – dokonano translokacji poszczególnych oddziałów w ramach pionu położniczo-ginekologicznego. W wygospodarowanych pomieszczeniach na parterze budynku głównego uruchomiono 29 grudnia 1978 roku III Oddział Położniczo - Noworodkowy (na 18 łóżek). Zwiększyła się tym samym do 75 liczba łóżek położniczych na wszystkich trzech oddziałach. Ogólna liczba łóżek pionu wyniosła 157. Przy Oddziale Ginekologicznym uruchomiono blok operacyjny oraz przy Poradni Ginekologicznej Przyszpitalnej salę obserwacyjną dla pacjentek po przebytych zabiegach.

W 1979 r. podejmowane były szerokie działania nakierowane na poprawę stanu zdrowotnego mieszkańców, zwłaszcza w zakresie ginekologii. Od 10 maja do 30 czerwca 1979 r. lekarze i położne pionu położniczo – ginekologicznego objęli masowymi badaniami cytologiczno – ginekologicznymi kobiety ze środowiska wiejskiego.

W 1981 r. uruchomiony został pawilon szpitalny, połączony z budynkiem głównym. W pawilonie oddano do użytku Oddział Dziecięcy Wewnętrzny na I piętrze, liczący 34 łóżka. Na Oddziale tym hospitalizowane były dzieci w wieku 2-18 lat.. Na II i III piętrze zlokalizowano Oddział Wewnętrzny dla dorosłych, zwiększając o 18 liczbę łóżek. Zorganizowano w jego ramach 4 - łóżkową salę intensywnego nadzoru kardiologicznego. Do zwolnionych przez Oddział Wewnętrzny pomieszczeń na I piętrze budynku głównego przeniesiony został Oddział Ginekologii. W 1986 r. poprawie uległy warunki pobytu pacjentek Oddziału Patologii Ciąży, który został przeniesiony 10 września 1986 r. do budynku głównego Szpitala - po modernizacji pomieszczeń, zwolnionych przez laboratorium i aptekę. W ten sposób wszystkie oddziały pionu położniczo-ginekologicznego znalazły się w budynku głównym. Usprawniło to w znaczny sposób system opieki i pracy lekarzy ginekologów.

W latach 1991 - 1992 trwał proces wyłączania się poszczególnych przychodni i poradni specjalistycznych ze struktury organizacyjnej Zespołu Opieki Zdrowotnej Nr 1. Proces zakończony został w lipcu 1992r., kiedy Wojewoda Bydgoski Zarządzeniem Nr 125/992 z dnia 24 czerwca 1992r. przekształcił Zespół Opieki Zdrowotnej w publiczny zakład opieki zdrowotnej pod nazwą „Szpital im. dr. Emila Warmińskiego w Bydgoszczy” podlegający Wojewodzie Bydgoskiemu.

1 stycznia 1994 roku szpital stał się jednostką podporządkowaną Radzie Miasta Bydgoszczy.

W dniu 1 października 1996 roku został powołany Zakład Endoskopii.

Na mocy Uchwały Nr II/11/98 Rady Miasta Bydgoszczy z dnia 18 listopada 1998 r.w nawiązaniu do Uchwały Nr LV/996/98 Rady Miasta Bydgoszczy z dnia 17 czerwca 1998 r. Szpital Miejski przekształcony został w samodzielny publiczny zakład opieki zdrowotnej i zarejestrowany w Krajowym Rejestrze Sądowym (aktualny numer: 0000057250). Zmiany wprowadzone zostały w związku z reformą ubezpieczeń społecznych i powołaniem z dniem 1 stycznia 1999 r. Kasy Chorych.

1 listopada 1999 roku w Szpitalu zaczął funkcjonować Oddział Neurologii i Wczesnej Rehabilitacji Poudarowej.

W dniu 10 lutego 2002 roku w Szpitalu utworzono Pracownię Tomografii Komputerowej.

Rada Miasta Bydgoszczy Uchwałą Nr XLIX / 1594 / 2002 z dnia 24 kwietnia 2002 r. zatwierdziła zmianę nazwy Szpitala na: „Wielospecjalistyczny Szpital Miejski im. dr. Emila Warmińskiego – Samodzielny Publiczny Zakład Opieki Zdrowotnej w Bydgoszczy”.

1 stycznia 2005 r. w Wielospecjalistycznym Szpitalu Miejskim zaczyna działać Centrum Małoinwazyjnych Technik Medycznych w zakresie chirurgii ogólnej, okulistyki, ortopedii i traumatologii narządu ruchu, otolaryngologii, urologii, chirurgii onkologicznej oraz gastroenterologii w trybie ambulatoryjnym i hospitalizacji jednodniowej.

10 października 2007 r. w miejsce istniejącego Oddziału Chorób Wewnętrznych, w związku z rozszerzeniem działalności o diagnozowanie i leczenie nieinwazyjne pacjentów ze schorzeniami nerek, zostaje powołany Oddział Chorób Wewnętrznych i Nefrologii. Oddział Kardiologii rozszerza swoją działalność i zaczyna prowadzić rehabilitację pacjentów kardiologicznych po tak zwanych ostrych zespołach wieńcowych oraz po zabiegach chirurgicznych takich, jak: by-pasy czy wszczepienie sztucznych zastawek. W związku z powyższym Oddział Kardiologii i Rehabilitacji zostaje przekształcony w Oddział Kardiologii i Rehabilitacji Kardiologicznej.

W roku 2008 w Szpitalu wprowadzono nowoczesną technikę operacji zaćmy w trybie zabiegów jednego dnia za pomocą metody fakoemulsyfikacji i emulsyfikacji płynowej przy użyciu najnowocześniejszego sprzętu. Metoda fakoemulsyfikacji umożliwia operowanie zaćmy w każdym jej stadium. Operacje wykonuje się w warunkach ambulatoryjnych. Operacje wykonuje się w warunkach ambulatoryjnych. Zastosowanie tej metody pozwoliło na skrócenie czasu trwania zabiegu i zminimalizowanie powikłań pooperacyjnych.

W Oddziale Anestezjologii i Intensywnej Terapii, dzięki specjalnemu aparatowi stosuje się dializę żylno-żylną. Aparat pozwala na zastosowanie hemodializy u pacjentów w stanach nagłego zagrożenia życia (np. zatrucia, niewydolność trzustki i inne), gdy u chorego nastąpi całkowite zatrzymanie oddawania moczu.

Poradnia Ultrasonograficzna Oddziału Położnictwa, Patologii Ciąży i Ginekologii wykonuje około trzech tysięcy badań dla całego regionu. Wyposażona jest w jak najwyższej klasy aparaturę ultrasonograficzną. Pracują w niej specjaliści o wysokich kwalifikacjach. W poradni tej wykonujemy badania ultrasonograficzne genetyczne (I trymestr ciąży), badania ultrasonograficzne "połówkowe" (oceny anatomii płodu w II trymestrze ciąży), echo serca płodu, badanie dopplerowskie płodu.

Poradnia Ultrasonograficzna ściśle współpracuje z Poradnią Genetyczną. Od stycznia 2008 roku, na bazie tych dwóch poradni, realizowany jest Program Badań Prenatalnych, finansowany przez NFZ. Celem programu jest wczesne rozpoznawanie ciąż z grupy wysokiego ryzyka oraz wad rozwojowych. W poradniach tych wykonywane są przesiewowe testy biochemiczne I i II trymestru ciąży oraz genetyczne badania ultrasonograficzne. Dzięki tej współpracy, pacjentki z ciążą z grupy wysokiego ryzyka są konsultowane przez lekarza genetyka, a w uzasadnionych przypadkach wykonywana jest diagnostyka inwazyjna (amniopunkcja).

Oddział Kardiologii dzięki współpracy z jednostką zewnętrzną przeprowadza diagnostykę i leczenie inwazyjne naczyń wieńcowych - koronarografię oraz angioplastykę. Dzięki diagnostyce inwazyjnej możliwa jest ścisła współpraca z ośrodkami kardiochirurgicznymi. Pacjenci prowadzeni są kompleksowo od zdiagnozowania choroby metodami nieinwazyjnymi (echo serca: próba wysiłkowa; 24-godzinny zapis EKG metodą Holtera; 24-godzinny pomiar ciśnienia tętniczego), poprzez zabiegi inwazyjne (koronarografia i koronaroplastyka), do ewentualnego przedstawienia danego przypadku w ośrodku kardiochirurgicznym. W Szpitalu został uruchomiony oddział rehabilitacji kardiologicznej, który przyjmuje także pacjentów po zabiegach kardiochirurgicznych.

W celu stworzenia możliwości najwyższej jakościowo - diagnostyki serca i naczyń wieńcowych pracownia tomografii komputerowej wyposażona została w najnowocześniejszy Tomograf komputerowy - 64 -rzędowy.

13 grudnia 2008 roku zapada decyzja o połączeniu Oddziałów Ginekologicznego i Położniczego. Zostaje powołany Oddział Ginekologii, Położnictwa i Patologii Ciąży, który jest jednym z większych oddziałów położniczo-ginekologicznych w Polsce.

W dniach 29 - 30 stycznia 2009 r. w Wielospecjalistycznym Szpitalu Miejskim przeprowadzono certyfikację systemu zarządzania jakością zgodnie z wymaganiami normy ISO 9001:2008.

Nasza placówka, jako pierwszy szpital w województwie kujawsko - pomorskim, otrzymała pełną certyfikację zgodnie z najnowszą normą w zakresie świadczenia usług medycznych, lecznictwa szpitalnego i ambulatoryjnego, rehabilitacji oraz diagnostyki obrazowej i laboratoryjnej.

1 lipca 2018 r. powstała Poradnia Żywienia Klinicznego, która obejmuje opieką chorych wymagających żywienia dojelitowego lub pozajelitowego w warunkach domowych. Żywienie dojelitowe w domu - prowadzi się u chorych z wytworzonym dostępem do przewodu pokarmowego (sonda żołądkowa, PEG, jejunostomia) po kwalifikacji na podstawie skierowania od lekarza. Żywienie pozajelitowe w domu - kontynuujemy u zakwalifikowanych chorych po wdrożeniu żywienia pozajelitowego w warunkach hospitalizacji (i tylko w trybie ciągłości leczenia). Rodzina chorego musi ukończyć szkolenie (które trwa od 7 do 10 dni) przed wdrożeniem żywienia w domu.

W roku 2020 zakończono budowę i oddano do użytku Centrum Rehabilitacji Neurologicznej i Kardiologicznej, a także Zakład Fizjoterapii posiadające nowoczesny sprzęt.

10 lutego 2023 nasz Szpital po raz kolejny potwierdził spełnianie standardów otrzymując certyfikat akredytacyjny od Ministra Zdrowia.

24 kwietnia 2023 miała miejsce konferencja prasowa z udziałem Prezydenta Miasta Bydgoszczy p. Rafała Bruskiego, Dyrekcji Szpitala oraz Władz Rektorskich Politechniki Bydgoskiej. Tematem spotkania była konieczność utworzenia wydziału lekarskiego oraz - co za tym idzie - zmiany podmiotu tworzącego Wielospecjalistyczny Szpital Miejski. 26 kwietnia 2023 opracowano Uchwałę intencyjną w tym zakresie.

Za cały rok 2023 nasz pion ginekologiczno - położniczy otrzymał wyróżnienie za najlepszą opiekę okołoporodową (prowadzenie ciąży, a także cały proces od momentu pojawienia się w Ginekologiczno - Położniczej Izbie Przyjęć do chwili opuszczenia oddziału po porodzie z noworodkiem) w regionie centralnym Polski. Jest to docenienie naszego zaangażowania w pracę oraz wynik ciągłego samokształcenia się w wykonywanym zawodzie.

W roku 2023 Szpital otrzymał także nagrody, m.in. w konkursie Liderzy Zarządzania organizowanego przez BFF Banking Group za wyniki finansowe na podstawie rocznego bilansu oraz rachunku zysków i strat. Pacjenci wyróżnili nas również w plebiscycie Hipokrates 2023 w kategorii: Najlepszy Szpital.

W styczniu 2024 roku otworzyliśmy Pracownię Żywienia Pozajelitowego, w której na miejscu będzie można przygotowywać mieszaniny dla Pacjentów. W tym samym miesiącu poszerzono także Oddział Kardiologii o 20 łóżek na I piętrze w budynku głównym Szpitala. Na nowo otwartym Odcinku Kardiologii Inwazyjnej będą mogli być leczeni Pacjenci z ostrymi zespołami wieńcowymi. Warto przypomnieć, że w naszym Szpitalu funkcjonuje kompleksowa opieka w zakresie Kardiologii: Zakład Hemodynamiki, Oddział Kardiologii, Odcinek Kardiologii Inwazyjnej oraz Oddział Rehabilitacji Kardiologicznej.

W lutym 2024 Szpital przeszedł pozytywnie audyt jakości uzyskując tym samym certyfikat ISO na kolejne 3 lata.

Minęło wiele lat, a nasz Szpital ciągle się rozwija. Każda zmiana, jaka ma miejsce, jest sukcesem wszystkich jego pracowników, którzy w swoich dążeniach pamiętają o misji Szpitala: "Uczynimy wszystko, by leczyć na najwyższym poziomie tak, aby Pacjent i jego bliscy czuli się u nas bezpiecznie."